自宅研究員とは、自宅で研究活動を趣味として行う者を指します。成果を出すために論文を執筆するなどの工程が不要なので、一般的な研究職とは何かと異なる点があります。 ところで、研究者にとって英語力は必要不可欠だとよく聞きます。私が以前在籍していた…

シングルセルデータをPythonで読み込むにはScanpyが便利です。以前の記事では、Scanpyのread_10x_h5という関数を使ってH5ファイルを読み込みました。 Scanpyの関数でファイルを読み込むと、Anndata型のデータとして変数に格納されます。このデータ型では、シ…

このグラフは何でしょうか？ J.C. Kimmel et al., 2019 このようなグラフは、シングルセル解析の論文でよく出てきます。シングルセル解析というのは、臓器や組織から採取された大量の細胞データを解析することをいいます。 このグラフの各プロットは細胞を表…

前回、GEOというデータベースから老化細胞データを入手しました。このデータを使って、今後はデータ分析を行っていきます。 しかし、データの中身がどうなっているのかはまだ説明していませんでした。そこで、今回の記事では行名・列名やデータそのものの読…